Hace miles de años, hubo una batalla contra un Dios Ancestral conocido como Shinnok. Éste fué el responsable de la desaparición y extinción de una civilización completa... Shinnok significa una amenaza para EarthRealm, por ello, Quan Chi intentó liberarlo de su prisión en la oscuridad y desolación de NetherRealm. Ahora, después de la derrota de Shao Kahn a manos de los guerreros elegidos de la Tierra, Shinnok ha escapado a EarthRealm: Una guerra está a punto de empezar de nuevo. Y ésta vez dependerá de los mortales.

Hace miles de años, Shinnok, era uno de los Dioses Soberanos que terminó como un Dios Caído por la tentación y supremacía de poder: La codicia lo llevó a éste punto por intentar apoderarse de EarthRealm...
Por suerte el protector de la Tierra no estuvo dispuesto a alegarlo, por ende, Raiden dando batalla y ganándola terminó desterrando al Dios de la Oscuridad bajo NetherRealm.



El amuleto por el cual Shinnok tenía poder y acceso a los reinos sin permiso de sus superiores, fué encomendado a los 4 Dioses Elementales para protegerlo y que nadie más logre ingresar ni causar las atrocidades del Dios Caído. Logrando así que el preciado medallón esté bajo la guardia de Fujin (Dios del Viento), Moldan (Dios de la Tierra), Niam Tzu (Dios del Agua) y Otzugua (Dios del Fuego) dentro de un templo construído específicamente para éste propósito.

Antes de la existencia del 1er torneo, el Lin Kuei era un klan que obraba por recompensas. Siendo así, un grupo de ninjas chinos que realizaban tareas que nadie podía hacer y que otros no querían, como el asesinar... Uno de sus integrantes: Bi Han, fué enviado a obtener dicho amuleto y entregárselo a Quan-Chi. Sub-Zero tomó la misión como cualquier otra al no saber a qué apuntaba el hechicero, desconociendo totalmente el propósito de tal.


Raiden se entera de ésta hazaña y manda al Infierno al lin kuei para hacerse responsable de la búsqueda y adquisición de dicha reliquia, antes que se desate otro caos en la Tierra. El ninja de hielo logra adquirir el amuleto, sin embargo, junto al Dios del Trueno se dan con la sorpresa de que es una copia, estando el original aún en manos de Quan-Chi quien forma alianza con Shinnok y logran conquistar NetherRealm.


Aprovechándose de la tranquilidad (y vulnerabilidad) en los reinos tras la derrota de Shao Kahn, el Dios Caído decide invadir Edenia para así luego continuar con la destrucción de EarthRealm en busca de venganza... Tras éste plan, los terrícolas deciden ir al reino natal de Kitana para brindarle ayuda con otros kombatientes para evitar la conquista de Shinnok y su hechicero aliado, luchando así en contra de los guerreros de NetherRealm.


Finalmente, el monje shaolin logra exterminar a las fuerzas del mal, salvando así los reinos de las manos de Shinnok. Volviendo la tranquilidad en Edenia, Kitana logra terminar con la rivalidad entre los shokan y centauros, acordando así un tratado de paz entre Goro y Motaro. A su vez, queda en el pasado el rencor de Kung Lao por el asesinato de su antepasado en manos del Príncipe del Dolor.

Raiden logra ascender, siendo de ahí en más un Dios Antiguo y dejando a Fujin en su anterior puesto como Protector de la Tierra.

Y tras la derrota de Shinnok, Quan-Chi se desliga de toda responsabilidad, ó al menos eso creía... Scorpion obtiene la verdad gracias a Sub-Zero y el ninja shirai ryu se lleva al hechicero al NetherRealm para hacerle pagar la matanza de su pueblo.